企业整体转让按以下原则进行税务处理
1、原则上不征收营业税和增值税。但转让在建项目时按以下办法征收营业税
1、转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收营业税；
2、转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按“销售不动产”税目征收营业税。
2、应缴纳印花税和土地增值税。
根据《印花税暂行条例》及实施细则规定企业整体转让属企业全部财产的所有权转让，应根据产权转让所立的书据依万分之五的税率缴纳印花税，但企业因改制签订的产权转移书据免征印花税。
根据《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（即转让房地产）具有法定增值额的应当依法缴纳土地增值税，转让非国有土地使用权及地上的建筑物，其附着物则不缴纳土地增值税。
3、收入增值达比例要缴企业所得税。
根据《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[
2000]118号）规定如果在企业整体资产转让交易的接受企业支付的交换额中扣除非股权支付额高于所支付的股权的票面价值（或股本的账面价值）
20%，就应该按照税法的有关规定，算出清算所得缴纳企业所得税。
4、原股东按财产转让所得征个税。
根据《关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[
2007]244号）规定通过签订股权转让协议，以转让公司全部资产方式将股权转让给新股东，协议约定时间以前的债权债务由原股东负责，协议约定时间以后的债权债务由新股东负责。根据《个人所得税法》及其实施条例的规定，原股东取得股权转让所得，应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。
此外，根据《关于个人股权转让过程中取得违约金收人征收个人所得税问题的批复》（国税函[
2006]866号）规定企业整体成功转让后，转让方个人股东因受让方未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方股东个人取得的该违约金应并人财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，但企业整体转让在计算股东应缴纳的个人所得税时不涉及外部的债权债务问题。
法律依据
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第六十七条
无形资产按照直线法计算的摊销费用，准予扣除。无形资产的摊销年限不得低于10年。作为投资或者受让的无形资产，有关法律规定或者合同约定了使用年限的，可以按照规定或者约定的使用年限分期摊销。外购商誉的支出，在企业整体转让或者清算时，准予扣除。
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