1、启动程序不同。前者属于行政鉴定，解决的是行政处理医疗纠纷中的专门性问题，即是否属于医疗事故的问题和赔偿调解问题。后者属于自行委托的鉴定，其作用在于给双方当事人一个“判定的标准”。
2、鉴定人员的组成不同。
3、鉴定的组织者不同。法律依据《医疗事故处理条例》第二十条卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
引用法规
《医疗事故处理条例》 第二十条
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