1、保护对象不同。商业秘密保护技术信息和经营信息，而竞业协议保护属于公司所有的相关核心人员固有技能；
2、限制人群不同。商业秘密限制任何人泄漏（另有规定的除外），而竞业协议仅限制高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员；
3、其他不同。法律依据《劳动合同法》第二十三条用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。第二十四条竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
引用法规
《劳动合同法》 第二十三条
《劳动合同法》 第二十四条
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