交通事故合作医疗保险可以报销，但是侵权人已经赔偿医疗费的，不得申请报销。
根据《社会保险法》第三十条规定，下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
法律依据
《社会保险法》第三十条
下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
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