医疗机构违法所得是医疗机构通过法律禁止的手段获取的一切财物，如果行为人通过合法的手段或途径获取的财产则不在违法所得的讨论范围之列。
《医疗机构管理条例》第四十四条规定，违反本条例第二十四条规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万元以下的罚款。
《中华人民共和国刑法》第六十四条规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
法律依据
《医疗机构管理条例》第四十四条
违反本条例第二十四条规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令其停止执业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万元以下的罚款。
《中华人民共和国刑法》第六十四条
犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
引用法规
《医疗机构管理条例》 第四十四条
《医疗机构管理条例》 第二十四条
《中华人民共和国刑法》 第六十四条
《医疗机构管理条例》 第四十四条
《医疗机构管理条例》 第二十四条
《中华人民共和国刑法》 第六十四条
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