法律明确规定禁止转让的，指标房转让协议无效。法律没有禁止，且该协议是双方真实的意思表示，不损害他人合法权益的，指标房转让协议有效。
根据2021年实施的《民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
法律依据
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第一百五十三条
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
引用法规
《民法典》 第一百四十三条
《民法典》 第一百五十三条
《民法典》 第一百四十三条
《民法典》 第一百五十三条
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